La série décrit les actions de la police autoroutière judiciaire, une section fictive de la police autoroutière allemande (de Autobahnpolizei). Les 4 premières saisons se déroulaient à l'ouest de Berlin, et depuis la saison 5, les épisodes se déroulent près de Cologne. Les personnages principaux sont deux policiers, qui forment l'équipe « Cobra 11 ». Au début, elle était composée de Frank Stollte et d'Ingo Fischer. Après deux épisodes, Semir Gershan remplace Ingo Fischer, tué par balles lors de l'épisode Roses rouges et sombre racket. Après sept autres épisodes, le commissaire André Fux remplace Frank Stollte. Ce premier meurt lors d'une intervention à Majorque, tué par Carlos Berger avec un harpon et ceci après 47 épisodes passés aux côtés de Semir. Son corps, reposant dans la mer Méditerranée, ne sera jamais retrouvé.
À partir du téléfilm pilote de la saison 7, La voiture folle, Tom Kranich devient commissaire et intègre l'équipe Cobra 11, menée seulement par Semir après le décès tragique d'André. L'équipe Tom/Semir est la plus connue et tient 3 ans. Dans le pilote de la quatorzième saison, Le baptème du feu, Semir a un nouveau partenaire, le jeune et dynamique Jan Richter, car Tom a démissionné de la police après la disparition de sa petite amie - enceinte de lui - tuée par une bombe devant ses yeux.
À la suite de l'épisode Plein gaz (saison 16), Jan quitte la série après le suicide d'un frère et de sa s½ur lors d'une mission d'infiltration.
Il laisse la place à Tom Kranich qui fit son grand retour à partir de la saison 17 (épisode Chantage à la bombe) car Semir avait besoin de lui pour résoudre une dure affaire. Malheureusement, Tom se fait tuer lors du téléfilm pilote de la saison 21 Auf Leben und Tod. Chris Ritter intègre l'équipe et devient ainsi coéquipier de Semir. Chris Ritter est tué par balle dans une fusillade à la fin de la saison 23 dans le dernier épisode Unter Feinden. Il sera remplacé par le jeune et dynamique Ben Jäger.
Les autres personnages importants de la série sont Anna Engelhardt (Angealbert), la chef de la brigade, qui soutient toujours nos deux héros lorsqu'ils se trouvent dans des situations délicates ; la sympathique secrétaire Susanne König, qui apporte à nos héros toutes les informations dont ils ont besoin pour avancer dans leur enquête. D'autres policiers comme les comiques Horst Herzberger (Henri Granberger) et Dieter Bonrath (Boris Bonrath), qui patrouillent, eux, dans une Porsche 911 Carrera sérigraphiée, sujette à de nombreuses querelles. Ils remplacent leur 911 par un Cayenne à partir de la saison 23. Ils roulent aussi dans une Skoda Octavia noire pour les missions de filature. Le jeune et timide Hartmut Freund, de la police scientifique, fou amoureux de sa Lucie (Toyota Supra) vient régulièrement en aide à nos jeunes héros. Sans oublier la procureur Shrankmann (surnommée la vieille bique), qui est assez à cheval sur les principes. Elle est souvent en désaccord avec Semir et Tom Concernant leurs méthodes d'investigation. Les missions de l'équipe Cobra 11 sont, tout d'abord de résoudre des crimes et d'arrêter les responsables. Cela se finit régulièrement par des poursuites et des explosions spectaculaires qui se déroulent toujours dans des conditions extrêmes.
À noter qu'une deuxième série d'Alerte Cobra (Alarm für Cobra 11 - Einsatz für Team 2) a été diffusée en Allemagne, avec les personnages de Frank Traber et Suzanna Von Landitz, qui remplacent Tom et Semir quand ils sont en congés et qui dirigent tous deux l'équipe cobra 12.
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